Rodil se je na Zdovčevi domačiji v Zavodnju. Ljudsko šolo je končal v Zavodnju, nadaljeval šolanje v rezbarski delavnici v Celju in na umetnoobrtni šoli v Ljubljani. Na Dunaju je najprej delal kot kiparski pomočnik v delavnici Francza Zeleznyja, nato pa od 1908−1912 študiral na kiparskem oddelku Akademije upodabljajočih umetnosti (z njim študirajo tudi drugi Slovenci: Josip Urbanija, Franc Ravnikar, Lojze Dolinar in France Kralj). Njegova profesorja sta bila kiparja Hans Bitterlich in Josef Müllner. Po štirih letih je prejel častno nagrado in zaključil obči del študija kiparstva. V letih 1912−1915 je opravil specialko akademije. Na povabilo madžarskega kiparja Janosa Horvaya je delal v njegovi delavnici v Budimpešti,  v študijskih letih pa še v različnih kiparskih delavnicah na pomembnih stavbnih plastikah kraljevskega dvora v Bukarešti in cesarskega dvora na Dunaju. 1916  je bil vpoklican na fronto na Tirolskem, 1917 hudo ranjen v nogo in 1918 odpuščen. Kiparil in bival je v Zavodnju. S slikarjem Rihardom Jakopičem in arhitektom Jožefom Plečnikom je bil leta 1922 izvoljen v umetniški svet tedanjega jugoslovanskega združenja likovnih umetnikov. 1923 je postal član komisije Narodne galerije v Ljubljani. Naredil je osnutke za Trboveljsko premogokopno družbo v Ljubljani in Narodno skupščino v Beogradu. Leta 1938 je imel v Celju nesrečo in poškodba je ostala trajna. 1941 se je poročil z Emanuelo Goršek in živel v Šoštanju.
Med študijem na Dunaju si je za svojega vzornika izbral avstrijskega baročnega kiparja Rafaela Donnerja. V rezbarsko-kiparski delavnici Franza Zeleznyja se je naučil predvsem tehničnih veščin rokovanja z dletom, na akademiji na Dunaju pa realističnega koncepta, anatomije, tenkočutnosti za telesnost in secesijske značilnosti ter stilizacije.
Od malih nog je bil les njegov najljubši material. Poseben izziv mu je bil redko rastoči les nagnoj (tudi negnoj, signoj). Še rastoče drevo ali grm sta mu narekovala idejo figure, ki jo je le izluščil iz dane oblike. Zaradi izvrstnega poznavanja lastnosti lesa je izkoristil vse njegove prednosti in napake. Njegova dela so vezana na baročno tradicijo, ki jo je občudoval. Na Dunaju se je prepustil toku secesije in izzvenevanju historičnih slogov.  Ekspresionizem je v njegovi delih prisoten v najbolj intimnih temah kipov s socialno tematiko. Spogledoval se je tudi z neoklasicizmom. Za glavnino njegovih del pa govorimo o poetičnem realizmu in sopotniku slovenskih modernistov.
Prvič je razstavljal v Ljubljani 1912 na Slovenski umetniški razstavi v Jakopičevem paviljonu, in sicer Egipčanko (hranijo jo v Narodni galeriji v Ljubljani), na Dunaju pa 1914 v Künstlerhausu, kjer je javnosti prvič predstavil imenitno Mater z otrokom (danes nahajališče neznano), za kar je prejel priznanje. Ob tej priložnosti ga je opazil dunajski arhitekt Adolf Loos, ki je odkupil kar dve plastiki mladega slovenskega kiparja (Egipčanka, 1912; Fantek na želvi, okoli 1914).
Stalna kiparska zbirka akademskega kiparja Ivana Napotnika je od leta 2010 na ogled v Vili Mayer v Šoštanju. Razstavljenih je okoli 70 Napotnikovih del, ki so v lasti Občine Šoštanj.

• 1912: prvič razstavlja na Slovenski umetniški razstavi v Jakopičevem paviljonu v Ljubljani
• 1914: razstavlja v Künstlerhausu na Dunaju
• 1924: razstavlja na V. umetniški razstavi Kluba mladih v Ljubljani
• 1927: razstavlja na 54. razstavi Künstbunda Hagen na Dunaju; za Vošnjakov dvorec (Guttenbüchel) v Ravnah pri Šoštanju izdela portalni plastiki Poljedelstvo in Vinogradništvo
• 1930: odkritje spomenika Srečku Puncerju, Braslovče
• 1932: naročilo kralja Aleksandra I. za okrasni nastavek droga z lento Glasbene matice Ljubljana
• 1949: izdela relief pesnika Karla Destovnika Kajuha za spominsko ploščo na pesnikovi rojstni hiši
• 1955: razstavlja na razstavi Slovenska umetnost po osvoboditvi 1945−1955, Moderna galerija
• 1957: izdela relief dr. Dušana in Boža Mravljaka za spominsko ploščo na rojstni hiši v Šoštanju
• 1958: jubilejna razstava, Šoštanj
• 1959: velika pregledna razstava v Narodni galeriji, Ljubljana
• 1963: ustanovitev Napotnikove galerije na II. osnovni šoli v Šoštanju, v spomin na kiparja Ivana Napotnika. To je bila prva galerija v Šaleški dolini in druga šolska galerija v Sloveniji
• 2006: razstava Ivan Napotnik: iz javnih in zasebnih zbirk, Narodna galerija Ljubljana in Galerija Velenje
• 2008: razstava na Akademie der Bildende Künste (Akademija upodabljajočih umetnosti), Dunaj
• 2010: stalna postavitev Napotnikove zbirke v Vili Mayer, Šoštanj

• 1933: odlikovanje jugoslovanske krone V. reda kralja Aleksandra I.
• 1958: priznanje red dela I. stopnje
• 1958: prvi častni občan Šoštanja

• Ivan Napotnik(1988−1960): iz javnih in zasebnih zbirk (katalog razstave v Narodni galeriji Ljubljana in Galeriji velenje, 2006)
• Vodnik po stalnih zbirkah Vile Mayer, 2011

http://vila-mayer.si/zbirke-2/kiparska-zbirka-ivana-napotnika/